中心将实行理事会领导下的主任负责制。理事会成员单位包括上海市儿童医院、上海交通大学生物信息学和生物统计学系和上海生物信息技术研究中心共同组建和管理运行。下设技术委员会和管理委员会的方式进行管理。技术委员会下设各个研究和转化课题组，实行长期PI负责制。
工程中心技术委员会是工程中心的学术评审机构，主要职能是研究决定工程中心的科研方向,审定研究课题,监督经费使用,促进和协调开放事宜。技术委员会由高水平的国内外同行专家组成，并尽可能地吸收外部门和相关学科的科学家参加，定期对中心发展战略和重大决策进行咨询、评议。
工程中心的管理委员会，由工程中心主任组织和管理，全面负责工程中心的所有工作，工程中心行政副主任协助工程中心主任处理工程中心的业务、行政管理工作。工程中心定期召开由主任、副主任、教授代表组成的室务委员会会议，管理委员会下设事务委员会，负责处理日常行政管理及外联。
中心组织架构图
